Слегка поменял конфигурацию сервера и поставил намного более свежий nginx.
Потестировать времени не было, так что обо всех неполадках на сайтах просьба сообщать сами знаете куда.
Еще теперь стоит умная программа, которая анализирует логи и банит тех товарищей, которые пытаются подобрать пароль к FTP и прочая. Не знаю, как ее наличие сказывается на общей производительности, но, судя по логам, не стоит ее останавливать. Интернет стал жутким гадюшником в этом смысле…